Aus Nordhessen stammend studierte Jan Hoffmann an der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz Schulmusik, Diplom Gesang sowie Diplom Chor- und Orchesterleitung.
Neben einem langjährigen Lehrauftrag an der Musikhochschule und am Collegium Musicum der Mainzer Johannes-Gutenberg-Universität war er Dozent für Chorleitung und Stimmbildung bei verschiedenen Festivals.

Als Chordirektor und Kapellmeister ist Jan Hoffmann seit der Spielzeit 1998/99 am Stadttheater Gießen verpflichtet und hat seit der Saison 2015/16 zudem die Position des stellvertretenden Generalmusikdirektors inne. Des Weiteren widmet er sich der klassischen Chorsinfonik und brachte in zahlreichen Konzerten die großen Werke der Chorliteratur zur Auf- führung. Als Anerkennung für sein außergewöhnliches und kontinuierliches Engagement um den Chorgesang in Stadt und Region erhielt er 2015 den Gießener Theaterpreis „denkmal“.
Bei den Ludwigsburger Schlossfestspielen wirkte er von Anfang 2005 bis zur Auflösung des Festspielchores Mitte 2014 als Chordirektor und musikalischer Leiter. Im Rahmen dieses Engagements verantwortete er die Choreinstudierung für eine Produktion bei den Salzburger Festspielen.

In Gießen ist er als künstlerischer Leiter des Gießener Konzertvereins und der Wetzlarer Singakademie tätig.

In der Spielzeit 2019/2020 übernahm Jan Hoffmann kommissarisch die Position des 1. Chordirektors an der Sächsischen Staatsoper Dresden (Semperoper). Des Weiteren übernahm er die Choreinstudierung für das berühmte ZDF-Adventskonzert aus der Frauenkirche Dresden.

Im Juli 2021 wurde Jan Hoffmann zum ersten Gastdirigenten der Europa Chor Akademie Görlitz berufen, wo er neben der Dirigiertätigkeit für die Weiterbildung der Stipendiaten der Akademie verantwortlich ist.