Jan Hoffmann studierte an der Hochschule für Musik und an der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz Schulmusik, Diplom Gesang sowie Diplom Chor- und Orchesterleitung.
Neben einem langjährigen Lehrauftrag an der Musikhochschule und am Collegium Musicum der Mainzer Johannes-Gutenberg-Universität war er Dozent für Chorleitung und Stimmbildung bei verschiedenen Festivals.

Als Chordirektor und Kapellmeister war Jan Hoffmann von 1998/99  bis 2022/2023 am Stadttheater Gießen verpflichtet und hatte ab der Saison 2015/16 zudem die Position des stellvertretenden Generalmusikdirektors inne. Dort verantwortete er die musikalische Gesamtleitung von zahlreichen Inszenierungen im Bereich Oper, Musical und Operette und widmete sich des Weiteren der klassischen Chorsinfonik und brachte in zahlreichen Konzerten die großen Werke der Chorliteratur zur Aufführung. Zudem zeichnete er sich verantwortlich für Ausgrabungen unbekannter chorsinfonischer Werke. Als Anerkennung für sein außergewöhnliches und kontinuierliches Engagement um den Chorgesang in Stadt und Region erhielt er 2015 den Gießener Theaterpreis „denkmal“.
Bei den Ludwigsburger Schlossfestspielen wirkte er von Anfang 2005 bis zur Auflösung des Festspielchores Mitte 2014 als Chordirektor diverser hoch anspruchsvoller Produktionen im Bereich a cappella, Chorsinfonik und szenische Opern. Zudem übernahm er für einzelne Produktionen die musikalische Gesamtleitung. Im Rahmen dieses Engagements verantwortete er die Choreinstudierung für eine Produktion bei den Salzburger Festspielen.

In der Spielzeit 2019/2020 übernahm Jan Hoffmann kommissarisch die Position des 1. Chordirektors an der Sächsischen Staatsoper Dresden (Semperoper). Dort übernahm er u.a. die Choreinstudierung für das berühmte ZDF-Adventskonzert aus der Frauenkirche Dresden.

Im Juli 2021 wurde Jan Hoffmann zum ersten festen Gastdirigenten sowie stellvertretenden künstlerischen Leiter der EUROPA CHOR AKADEMIE GÖRLITZ an die Seite von Prof. Joshard Daus berufen, wo er neben der Dirigiertätigkeit für die Weiterbildung der Stipendiaten der Akademie verantwortlich zeichnet.

Ab der Saison 2024-2025 übernimmt Jan Hoffmann die Position des 1. Chordirektors an der Sächsischen Staatsoper Dresden (Semperoper).